El cantón 10 de la provincia de Heredia fue creado bajo la Ley N°4671 del 18 de noviembre de 1970.
En la época precolombina el territorio que actualmente corresponde al cantón de Sarapiquí estuvo habitado por indígenas llamados Votos, que ocuparon las llanuras de Sarapiquí.
Dentro de ese ciclo de información solicitada a expertos, se puede agregar, como novedad, que la arqueóloga costarricense Mauren Sánchez, afirma que en La Trinidad existió un fuerte español, entre 1727 y 1729, lo que confirma que la región fue muy explorada entre los siglos XVI y XVIII.
Después de la independencia, fue primordial la preocupación de los gobernantes, el establecimiento de un puerto de altura en el litoral Caribe, y una vía de acceso a la región. Se ofrecieron premios a los descubridores de los caminos que pudieran conducir hacia estas costas, por la parte norte del país, hacia San Carlos, hacia Sarapiquí y otros lugares, siempre buscando el río San Juan. Así, con el tiempo fue abierta la vereda de Sarapiquí, partiendo de Heredia y concluyendo en la margen oeste del río Sarapiquí, en el sitio denominado Muelle.
El siglo XIX es más profuso en información, sobre todo a partir de 1819, cuando el barveño Pío Murillo, conecta el Valle Central de Costa Rica con Sarapiquí y empiezan las migraciones de europeos a Costa Rica y viceversa, por el río Sarapiquí, emblemático por lo demás, que heredó su nombre al Cantón.
En la demarcación de los distritos parroquiales de la provincia de Heredia, publicada en la Gaceta Oficial, el 30 de diciembre de 1862, la aldea de Sarapiquí formó parte del distrito séptimo de Santa Bárbara del cantón Heredia.
En la administración de don Alfredo Gonzáles Flores, el 18 de octubre de 1915, en la Ley N°20 sobre división territorial para efectos administrativos, aparece Sarapiquí como distrito sexto del cantón de Heredia, con la categoría de Barrio.
Posteriormente, en la Ley N°4671, del 18 de noviembre de 1970, en el segundo gobierno de don José Figueres Ferrer, al convertirse Sarapiquí en el cantón décimo la provincia de Heredia, el barrio Puerto Viejo adquirió el título de Ciudad, al designarse como cabecera de este.
Así las cosas, el origen del nombre del cantón se debe al río que nace y drena esta región; cuyo nombre original según Carlos Gagini es Siripiquí. Aseveración que fundamenta en un documento de 1640 el cual indica que “un río que tiene por nombre entre los naturales, Jori y comúnmente nombrado por la gente del mar; Siripiquí, que tiene sus nacientes en las cordilleras de dicho poblado de Barva”. La gente del mar eran los Zambos Mosquitos.
Sarapiquí fue uno de los escenarios más importantes en la Campaña Nacional contra los filibusteros, en los años 1856-1857, especialmente en las batallas de Sardinal y la Trinidad, en donde tropas costarricenses al mando del general Máximo Blanco, derrotaron a los invasores liderados por William Walker. Esta campaña se desarrolló entre diciembre de 1856 y febrero de 1857 y es quizás la más importante de toda la gesta histórica, porque cortó el abastecimiento a las tropas filibusteras que lo recibían por el Río San Juan hasta el Lago de Nicaragua. Los 700 soldados costarricenses pasaron muchas penurias y terribles dificultades, pues no tenían embarcaciones adecuadas, por lo que debían navegar en balsas y canoas, parapetarse en la ribera de los ríos Sarapiquí y San Juan, protegerse de la lluvia incesante y los mosquitos, además de no contar con alimentos. Sin embargo, su arrojo, valentía y patriotismo, los llevaron a derrotar al enemigo invasor, que debió dispersarse hasta Granada en Nicaragua
La Comisión Local de Sesquicentenario de la Campaña Nacional 1856-1857, junto a la Comisión Nacional para el mismo propósito, impulsan, en este momento; acciones tendientes a incorporar en el calendario escolar costarricense la conmemoración de esta importante gesta, porque la historia oficial solo pondera las batallas de Santa Rosa y Rivas y no le confiere importancia a este otro periodo, que preparó, como el gran ideólogo de esa campaña; el patriota presidente Juan Rafael Mora Porras.
A los hitos históricos construidos e inaugurados en Sardinal; Muelle y La Trinidad, se unirá pronto el del Estero de Copalchi, además en noviembre del año 2007, se bautizaron dos sitios importantes de Sarapiquí, con el nombre de los dos soldados sarapiqueños que participaron en la campaña: el Parque de La Virgen con el nombre de Silvestre Durán Calvo y el Boulevard de Puerto Viejo con el nombre de Salvador Durán Ocampo.